2014年10月，国家科技部、原国家卫生计生委和原总后勤部卫生部联合认定首都医科大学附属北京友谊医院为国家消化系统临床医学研究中心。

中心建立“一体两翼”的组织管理模式，搭建多层次、辐射全国的临床研究协同网络；首先倡导了消化疾病的横向学科联合与纵向序贯诊治的结合，形成消化系统癌前疾病和早癌的规范化诊治、终末期肝病序贯诊治及内镜-腔镜联合微创诊治三个特色临床研究方向；拥有食管鳞癌、胃癌、结直肠癌癌前疾病和早癌、慢性乙肝肝硬化等位于国际前列的大型队列；研发国产内镜、腔镜微创机器人、肝纤维化及肝硬化无创诊断FibroTouch检测仪等高端设备，国际首创“双多米诺供肝交叉辅助式肝移植”，并将适宜技术推广至海外及全国150余家基层医疗单位，为提高消化疾病临床诊治水平、创新和转化能力、培养高水平专业人才和技术普及做出重要贡献。

自2015年以来，国家消化中心作为国家临床医学研究协同创新战略联盟秘书长单位，积极落实“三聚合”和“三对接”的功能定位，协助科技部社发司、生物中心等上级部门，进行了一系列调研工作，为政府决策提供多项数据支撑。

2023年，基于中心各项科研成果，获批科技部“消化健康”全国重点实验室。