方法学平台作为国家消化中心的重要支撑平台，目前有专职工作人员8名，海外特聘方法学专家3名。平台由研究设计、数据管理、统计分析部、北京市临床研究质促中心等部门组成，为医院及北京市其他医院承担的多种类型的临床课题提供方法学支持。

平台承担了大量的临床研究方法学教学与培训任务，历时5年，渐成培训体系，主要课程包括“友谊-杜克”临床研究方法学国际培训班（CRTP），首都医科大学研究生课程及医院科研骨干培训。

依托国家科技部新药研发项目，方法学平台开发了满足国际标准的临床研究项目管理一体化平台，已服务于超过200余项临床研究项目，并获批了国家相关专利和软件著作权。